Βρίσκεται στην εσωτερική βορειοδυτική πλευρά των οχυρώσεων, που πήρε το όνομα της από τη μονή του San Salvatore. Το καθολικό έχει είσοδο από την οδό Θεοτοκοπούλου, για τους πιστούς, ενώ από τη νότια πλευρά του επικοινωνεί με την κλειστή στοά, με τις κατοικίες των μοναχών. Διακρίνονται τρεις οικοδομικές φάσεις: αρχικά υπήρχε ένα μικρό καμαροσκέπαστο παρεκκλήσι πιθανότατα του 15ου αιώνα.
Κατά τον 16ο αιώνα έγινε μια πρώτη επέκταση προς τα δυτικά και στα τέλη της Βενετοκρατίας πήρε τη σημερινή του μορφή με τους δύο χώρους στη βόρεια πλευρά του.
Στα χρόνια της Τουρκοκρατίας μετατράπηκε σε τζαμί του Τοπού Αγά Χαν ή Αγά Τζαμισί.
Το πλούσιο αρχαιολογικό υλικό, το οποίο έχει συγκεντρωθεί από τις ανασκαφές, αλλά και από περισυλλογές και δωρεές, αποτέλεσε μία συλλογή στην οποία καταγράφεται με σαφήνεια η ιστορική πορεία του δυτικότερου νομού της Κρήτης από τα παλαιοχριστιανικά χρόνια έως και την τουρκοκρατία.
Αντιπροσωπευτικά δείγματα αυτής της συλλογής εκτίθενται στο ναό του San Salvatore. Στόχος της παρουσίασης αυτού του υλικού είναι η σκιαγράφηση της ιστορικής και της καλλιτεχνικής φυσιογνωμίας του Νομού Χανίων κατά τους βυζαντινούς και μεταβυζαντινούς χρόνους.
Τα εκθέματα ομαδοποιήθηκαν κατά είδος σε ενότητες: ψηφιδωτά, επιτύμβιες επιγραφές, τοιχογραφίες, εικόνες, αρχιτεκτονικά γλυπτά, έργα κεραμικής και μικροτεχνίας, νομίσματα.

Τα έργα της κάθε ενότητας παρουσιάζονται σε χρονολογική διαδοχή. Χάρτες και επεξηγηματικοί πίνακες κατατοπίζουν τον επισκέπτη σχετικά με την προέλευση των εκθεμάτων και το ιστορικό πλαίσιο της εποχής τους.

Διεύθυνση:Θεοτοκοπούλου 82, τηλ. 0030 28210 96046
Ώρες κοινού:8:30 - 15:00 εκτός Δευτέρας
Εισιτήρια: 1€ (Φοιτητικό, Ηλικιωμένοι) - 2€ (Γενική είσοδος) - 3 €